В ходе широкомасштабной компании по ликвидации святых мощей, 3 февраля 1919 года был вскрыты мощи святителя Митрофана Воронежского.
Народное предание сохранило некоторые подробности глумления, учиненного над честными останками Святителя. 3 февраля 1919 года перед началом литургии в Благовещенский собор Митрофановского монастыря вошли руководители местной большевистской ячейки в сопровождении большой толпы красноармейцев и чекистов. Они объявили духовенству, братии монастыря и многочисленным богомольцам решение “трудового народа”: “покончить с поповскими баснями о святых мощах”. Красноармейцы оттеснили верующих от раки Святителя и вынули из нее кипарисовый гробик с мощами. Предложение владыки Тихона (Никанорова) самому извлечь мощи было ими отвергнуто. Безбожники с насмешками стали сдергивать пелены и покровы со Святителя, затем всеобщему обозрению было продемонстрированы поднятые на штыках святые мощи.
Монастырская братия и богомольцы плакали, не в силах пресечь беззаконие. Игумен Владимир успокаивал братию: “Великая милость Божия проявлена Святителю — по истечении земной жизни претерпеть мученичество за Христа”. Свершив надругательство, безбожники составили акт вскрытия. Честные останки святого Митрофана были внесены ими в опись имущества собора как “социалистическая собственность” и оставлены в соборе.
Разоблачение не состоялось. Чудовищное кощунство большевиков лишь усилило приток верующих к святителю Митрофану, усерднее стала их молитва. Но беззаконники не успокоились, они стали действовать более изощренно. В 1922 году большевики инициировали раскол в Православной Церкви. Благовещенский собор (монастырь к тому времени был уже закрыт) и находящиеся в нем мощи святителя оказались в руках раскольников-обновленцев. Святейший Патриарх Тихон отлучил обновленцев от Церкви.
Православные верующие, по замыслу безбожников, должны были либо прекратить почитание святых мощей, либо примкнуть к «официальной» обновленческой Церкви. Православные воронежцы оказались в затруднительной ситуации. Но православные священники с церковных амвонов объявили, как правильно следует себя вести: креститься в обновленческих храмах нельзя, все их таинства безблагодатны, их «святая» вода святой не является, но иконы, а тем более такая великая святыня, как мощи угодника Божиего, сохраняют благодать, находясь в плену у раскольников. Обновленческие храмы пустовали; пустовала казна обновленческого Благовещенского собора. Но к плененным в нем святым мощам приток молящихся не ослабевал.
В 1926 году у святителя Митрофана побывало более двадцати тысяч паломников-богомольцев из разных мест Воронежской губернии. В этой связи всем уездным Советам безбожников была дана директива «организовать массовый обход крестьянских изб с предложением жертвовать на оборону СССР те средства, которые предполагается использовать на паломничество». 20 августа 1927 года к святителю Митрофану прибыло более тридцати тысяч паломников селян и более сорока тысяч горожан.
Но губернский комитет партии не ослабил своего натиска на великого молитвенника Воронежского. Было принято решение о проведении в день прославления святителя безбожного «Митрофанова дня» с устроением на соборной площади комсомольского гуляния, с привлечением клубных кружков, цирковых и оркестровых коллективов.
В 1929 году, видя тщетность своей борьбы со святым Божиим угодником, власти решили «ликвидировать очаг суеверий и мистицизма, сдерживающий развитие классового сознания, препятствующий введению новой, социалистической обрядности». Они действовали коварно, глумясь над чувствами верующих. Традиционно 20 августа несколько десятков тысяч богомольцев стекалось к Благовещенскому собору. Неоюданно для всех богослужения были запрещены.
Прибывшие в собор местные безбожники и партийный главарь Варейкис объявил, что мощи святого Митрофана Воронежского изымаются в связи с закрытием собора для использования его на нужды социалистического строительства. Мощи святителя увезли. Богомольцам было объявлено, что они могут присоединиться к комсомольскому гулянию. До позднего вечера на площади перед собором раздавались звуки революционных маршей. Для этого были задействованы все пять духовых оркестров, имеющихся в Воронеже.
Православные воронежцы тяжело переживали утрату великой святыни — благодатного источника чудотворений, были опечалены оскорбительными глумлениями коммунистов. А для честных останков святителя Митрофана началось новое пленение — теперь уже в Воронежском краеведческом музее, куда их определили безбожники. Пленение это продолжалось шесть десятков лет.
При существующих тогда условиях невозможно было помышлять о возвращении великой святыни. Атеистическое государство не оставило своих планов окончательно уничтожить Русскую Православную Церковь. Некоторая надежда на возвращение святых мощей первого Воронежского епископа Митрофана появилась после Великой Отечественной войны.
4 сентября 1946 года архиепископ Воронежский и Острогожский Иосиф (Орехов) возбудил ходатайство перед гражданскими властями о возвращении верующим находящихся в музее мощей святителя. Власти стали рассматривать вопрос о целесообразности их возвращения. Год спустя Воронежский владыка через Святейшего Патриарха обращается к советскому правительству в надежде обрести святыню к грядущему 1953 году, юбилею святителя. Но от властей последовал отказ, и святитель Митрофан не был освобожден из пленения.
250-летний юбилей святителя торжественно праздновался во всех приходах Воронежской епархии. В своем слове архиепископ Иосиф сказал: «Хотя мы ныне и разлучены с нетленной плотью нашего святого, духом мы с ним не разлучались, и молитва наша к нему не ослабевала. В дни праздников и в дни невзгод мы всегда обращаемся к нему: «Избранный чудотворче и изрядный угодниче Христов, многоцелебный источниче и молитвенниче о душах наших, святителю отче Митрофане, яко имеяй дерзновение ко Господу, от всех нас бед свободи, зовущих: радуйся Митрофане, великий и преславный чудотворче».
Настоящим торжеством Православия стало празднование 16-17 сентября 1989 года возвращения Русской Православной Церкви мощей святителя и чудотворца Воронежского Митрофана, свершившееся милостью Божией и трудами митрополита Воронежского и Липецкого Мефодия. Весь город, вся епархия участвовали в этом знаменательном событии.
16 сентября перед всенощным бдением на одной из близлежащих к Покровскому кафедральному собору улиц раку со святыми мощами встречали крестным ходом верующие с собором архиереев и сонмом духовенства. Дорога была устлана живыми цветами, несколько тысяч человек со слезами на глазах, с зажженными свечами оюдали святыню, а благовест с кафедрального собора возвещал всему городу о возвращении его первопрестольника, который в свое время часто называл Воронеж «Домом Пречистой».
«Радуйся, Митрофане, великий и преславный чудотворче».
Всю ночь собор был открыт. Народ подходил к святым мощам, духовенство помазывало богомольцев освященным елеем, читались акафисты, проводилась исповедь.
Митрополит Мефодий отметил, что открытие храмов, обителей, возвращение святынь Русской Православной Церкви является знамением нашего времени и имеет не только церковное, но и общенародное значение.
С тех пор мощи святителя Митрофана пребывают в Покровском кафедральном соборе Воронежа, являясь нетленным свидетельством истинности Православия и преподавая великое утешение и помощь всем, с верою притекающим.